De in 2001 opgerichte universiteit heeft zich ten doel gesteld om de Islamitische intellectuele traditie in een neutrale wetenschappelijke omgeving aan te bieden aan alle belangstellenden ongeacht ras, religie, en afkomst.
De IUE is zich bewust van de globalisering in de wereld en de internationalisering vanwege allerlei hedendaagse technische mogelijkheden die de wereld tot een klein dorp hebben ontwikkeld.
De IUE heeft zich dan ook hier niet verre van gehouden en heeft zich onderscheiden door vestigingen te openen in Brussel en Istanbul om niet buiten deze internationalisering te blijven. Istanbul is gekozen omdat de grootste groep moslims in Nederland afkomstig zijn uit Turkije.